我公司是分包单位，已给甲方开具增值税专用发票，在向甲方申请支付分包工程款时，甲方只同意以代发工资形式支付。请问，甲方代发的农民工工资，我公司是否还要为农民工代扣代缴个人所得税？
这其实是农民工专户发放工资的问题，为保证这个特殊群体的利益，2019年12月4日国务院第73次常务会议通过《保障农民工工资支付条例》，自2020年5月1日起施行。
农民工专户发放的工资由谁申报个税？
根据《个人所得税法》第九条规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
《个人所得税扣缴申报管理办法（试行）》（国家税务总局公告2018年第61号）第二条 扣缴义务人，是指向个人支付所得的单位或者个人 第六条 扣缴义务人向居民个人支付工资、薪金所得时，应当按照累计预扣法计算预扣税款，并按月办理扣缴申报。
行业管理规定
《保障农民工工资支付条例》第三十一条 工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。
分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。
施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。
用于支付农民工工资的银行账户所绑定的农民工本人社会保障卡或者银行卡，用人单位或者其他人员不得以任何理由扣押或者变相扣押。
我们可以从以下规定看出，为保护农民工利益，其工资是采用委托施工总承包单位代发制度，但农民工的用工单位还是属于分包单位，因此农民工的取得的工资、薪金实际是分包单位应发的。
在建筑行业管理中有“农民工”的说法，但在税法里却没有这个说词，根据国税函【2009】3号文件规定这属于“员工”的范畴，取得工资、薪金的人都要申报个人所得税。通过农民工专户支付虽然从形式是总承包单位支付，以避免分包公司把农民工工资挪作他用，但这部分成本实际属于分包公司，因为总承包公司的分包成本是分包公司开具的发票。因此总承包公司或分包公司要与农民工签订劳动合同，支付农民工工资薪金的分包公司是农民工工资薪金的个税扣缴义务人。
申报农民工工资要注意什么？
1、要符合税法对建筑行业从业人员要求全员全额申报规定
《国家税务总局关于建筑安装业跨省异地工程作业人员个人所得税征收管理问题的公告》（国家税务总局2015年公告第52号）第二条跨省异地施工单位应就其所支付的工程作业人员工资、薪金所得，向工程作业所在地税务机关办理全员全额扣缴明细申报。凡实行全员全额扣缴明细申报的，工程作业所在地税务机关不得核定征收个人所得税。
2、要符合申报个税首先要符合工资薪金的规定
《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）第一条：《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。怎么确认是“合理工资薪金”呢？
①、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
②、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
③、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
④、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。
⑤、尽量采用第三方机构如银行支付等；
⑥、跟员工签订劳务合同；
⑦、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
3、支付了工资还要注意资料的保存
《保障农民工工资支付条例》明确分包单位相关内控资料也要保存完整，以证明业务发生的真实性：
①、施工总承包单位与分包单位依法订立书面分包合同，应当约定工程款计量周期、工程款进度结算办法。这是支付农民工工资法律依据。
②、用人单位应当按照工资支付周期编制书面工资支付台账，并至少保存3年。书面工资支付台账应当包括用人单位名称，支付周期，支付日期，支付对象姓名、身份证号码、联系方式，工作时间，应发工资项目及数额，代扣、代缴、扣除项目和数额，实发工资数额，银行代发工资凭证或者农民工签字等内容。
用人单位向农民工支付工资时，应当提供农民工本人的工资清单。这是支付档案的保存，以便后期检查。
③、施工总承包单位或者分包单位应当依法与所招用的农民工订立劳动合同并进行用工实名登记，具备条件的行业应当通过相应的管理服务信息平台进行用工实名登记、管理。未与施工总承包单位或者分包单位订立劳动合同并进行用工实名登记的人员，不得进入项目现场施工。
存在的主要问题
目前对于农民工申报个税仍然存在较多问题，但最突出的集中在这两个方面：
1、有些建筑企业为了节约成本，不愿意投入较多的人力、物力来做全员全额申报，仍存在侥幸心理，重视性不够，以为税务预警只是走走形式、摆摆样子。
2、因手续繁琐、流动性大、怕影响享受农村优惠政策等原因，农民工自己不愿意申报个人所得税等。
提 醒
由于个税未申报，因此对企业发放的工资薪金不能在企业所得税税前扣除，将会给企业带来较大的涉税风险。
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