本文将详细解释如何使用HLAscan进行HLA分型。这篇文章的内容质量很高，所以边肖会分享给大家参考。希望你看完这篇文章后有所了解。
HLAScan是韩国研究团队开发的HLA分型工具，可以处理WGS、WES和目标区域捕获和测序数据，将读数与IMGT/HLA数据库中的读数进行比较，然后确定HLA基因型信息。
利用测试数据，软件开发团队评估了以下软件的打字效果。
可见，HLAscan可以提供可靠的2位和4位分型结果。官网链接如下
http://www.genomekorea.com/display/tools/HLAscan
最新版本是hlascan_v2，安装过程如下
unziphla_scan_r_v2.1.2.zip
除了软件安装包之外，官方还提供了一个测试数据集，可以直接下载解压使用。基本用法如下
HLA _ scan _ r _ v 2 . 1 . 2-bna 12155 . chr 6 . bam-dhla-all . imgt-v 38-b参数指定输入bam文件，-d指定软件附带的数据库名称，-v指定基因组版本hg38。
默认情况下，软件会输入人类白细胞抗原基因。除了这个基因，它还支持以下基因的分型
人类白细胞抗原
人类白细胞抗原-B
人类白细胞抗原-C
人类白细胞抗原
人类白细胞抗原-F
人类白细胞抗原
云母
MICB
HLA-DMA
人类白细胞抗原-DMB
人类白细胞抗原-波达方向
人类白细胞抗原-多溴联苯
人类白细胞抗原-DPA1
HLA-DPB1
HLA-DQA1
人类白细胞抗原-DQB1
HLA-DRA
HLA-DRB1
HLA-DRB5
TAP1
TAP2
该软件还支持直接提供fastq格式的输入序列。具体用法请参考官网说明。
操作过程中将显示以下日志信息
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HLAscanv2.1
报告已创建
2018.7.23.11:25:32
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人类白细胞抗原：人类白细胞抗原
# ofconsideredtypes:3182
人类白细胞抗原类型
[type 1]01:11 NEX 3 _ 3.29348 _ 45ex 2 _ 3.75926 _ 100ex 4 _ 24.0471 _ 100ex 5 _ 35.1966 _ 100
[2型]01:11 NEX 3 _ 3.29348 _ 45 ex2 _ 3.75926 _ 100 ex4 _ 24.0471 _ 100 ex5 _ 35.1966 _ 100可以看出，对于HLA-A基因，基因分型的结果是HLA-A*01:11N。
如何使用HLAscan进行HLA分型，希望在这里分享。
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