怎样使用Clustal进行多序列比对

如何使用Clustal进行多序列比对，相信很多没有经验的人对此无能为力。为此，本文总结了问题产生的原因和解决方法，希望大家可以通过本文来解决这个问题。

多序列比对在保守区鉴定、系统发育分析、基序鉴定等领域发挥着重要作用。它是生物信息学数据分析必不可少的基本技能之一。Clustal是一个经典的多序列比对工具，支持DNA、RNA和蛋白质的比对。

Clustal有两个版本。以前的版本提供了图形用户界面和命令行工具。GUI版本叫做ClustalX，命令行版本叫做ClustalW。最新的版本叫做Omega，只有命令行版本。

最新的omega比对更准确更快速，适用于上千个尺度的多序列比对。目前软件只提供命令行版本。在官方网站上，提供了源代码和编译的二进制文件。

通常直接下载相应的二进制可执行文件就足够了。软件的基本用法如下：

Clustalo-iseq.fastaalign.fa-i指定输入序列文件，默认输出结果打印在屏幕上，可以重定向到指定文件。该软件支持各种格式的输出。

fasta

clustal

多级闪蒸

phylip

selex

斯德哥尔摩

维也纳

默认输出格式是fasta，输出文件格式可以由-outmt参数指定。多序列比对与Blast的不同之处在于Blast是局部比对，而多序列比对是全局比对。全局比对意味着输入序列需要在同一水平上进行比对。通常，通过在输入序列中插入碱基来比对序列，如下所示。

ENA | CAA 23748 | CAA 23748.1人类珠蛋白

atggtgctgtctcg-ccgacaagaccacgtcaagccgcctggtaagtcgg

cgcgcacgctggcgaggtatggtgcggagccctggaggatgttcctgtccttccccacc

CACCAAGACCTACTTCCCGCACTTC-gacctgagccaccggctctgcccaagttatagg

cccggcaagaaggtggccgacgctgaccaacggtggcgcacgtggacgacatgcc

cacacgcgctgtccgccctgagcacctgcacgcacaagcttcgggtggacccggtcaa

cttcaagctcctaagccactcgcctgctggtgaccctggcccccccccccctccccgccgagtt

CACCCCTGCGGTGCACGCTTCCCTGGACAAGTT-cctggcttctgtgagccgtgct

GACCTCCAAATACCGTTAA

ENA | CAA 24095 | CAA 24095.1家鼠-珠蛋白

atggtgcttctggggaacaaaag-cacatcaaggcctgcctgggaagattgg

tggccatggtgctgaatatggagctgaagccctggaagatgtttgctagcttccccac

caccaagacctactttcctactttgatgt-aagccacggcttgcccaggtcaaggg

tcacggcaagaggtcgccgatgctggccagtgctgcagccacctcgatgacctgcc

cggtgccttgtctgcttgagacctgcatgcccacaagctgcgtggatcccgtcaa

cttcaagctctcctgagcctgctggtgaccttggctagccaccctgccgattt

cacccgcggtacatgccttctggacaaatt-ccttgccttgagcaccgtgct

GACCTCCAAGTACCGTTAA

ENA | baa 20512 | baa 20512.1鲤-珠蛋白

atgagttctctctgatagacaagctg-CTGTGAAAGCCCTATGGGCTAAGATCAG

ccccaagccgatgatcggctgaagctctcggaatgctgaccgtctaccctca

gaccaagacctacttcgctaccgggatgatgagccctgggtccggtctcctgtgaa

gcatggcaagttatcatgggtgcagtggccgatgctttcaaaaaatagacgaccttgt

gggagggtctggtctctctgagcgaacttcatgcttccaagtgcgttgacccgcaa

cttcaagatcctcgcacacatgtcatcgtgcatcggcatctcttccctggagactt

ccccccgagggttcacatgtcagttgacaagtttttccagaac-ttggctcttggctct

CTCTGAGAAGTACCGCTAA通过插入序列来对齐序列。如果您不习惯命令行操作，也可以使用在线服务。EBI在线服务的网站如下

https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

使用起来非常简单。输入序列，调整参数设置，然后提交。在输出结果中，还提供了颜色标注、进化树可视化等功能。

通过Mview可视化多序列比对的结果，如下所示。

它还支持导出到Jalview软件进行可视化。

进化树的结果可以通过生理树查看，默认采用NJ方法，如下图。

你也可以通过发送到简单生理学创建一个进化树，支持NJ和UPGMA。

看完以上，你掌握了如何使用Clustal进行多序列比对了吗？如果您想学习更多技能或了解更多相关内容，请关注行业资讯频道，感谢您的阅读！