(一)建造师与施工方之间存在利益冲突的风险。
施工方会要求更低的施工成本，而施工方会要求更高的施工利润。因此，他们会片面地介绍情况，对合同和相关签证有不同的理解，导致审计师对问题做出错误的判断和计算。
(二)施工方和被施工方利益的风险。
主要体现在两个方面：一是施工方通过建设单位搞假工程，假结算，套取国家建设资金，搞“小钱柜”，施工方收取所谓管理费；二是双方相关人员相互勾结，利用审计人员的声誉和权威，徇私舞弊，采取多次签证、乱签证、隐瞒施工条件等手段，使其违法活动合法化，也使审计存在风险。
(3)建设项目的敏感性和复杂性带来的审计风险。
主要体现在：一是国家投资建设项目非常敏感，是社会关注的焦点之一，审计人员压力较大；二是项目投资规模较大，建设过程中可变因素较多；第三，审计过程涉及的子目和专业较多，需要更专业的判断，审计结论具有争议性和不确定性。四是建设项目建设周期长，人、工、料单价难以确定。这种复杂敏感的审计业务特征容易导致审计风险。
(4)外部协调风险。
外部协调包括行业主管部门与行业之间的协调，以及相关业务单位与业务主管部门之间的协调。一些建设单位看到，目前的造价咨询单位大多隶属于某个主管部门，每个单位都有权力范围，因此多次委托造价审核，甚至以造价最低为认可条件。但由于信息不同、业务水平不同，承担审计任务的一方有不同的审计结果和风险。
(e)内部协调的风险。
内部协调包括审计准则是否一致，审计程序是否统一，审计方法是否恰当，审计制度是否健全。如果两个项目采用的标准不同，必然会招致双方的批评。另外，如果经办人员出现了一些问题，或者一时疏忽工作，或者受到上级的干扰而收受贿赂，也会导致某个项目的错误估值。
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