当初自来也为获晓的真正目的,孤身一人潜入隐雨村.获知隐雨村的掌权人是被称为神的佩恩,其一定和晓有莫大关系.自来也见到佩恩时发现他和自己的一个徒弟一样拥有轮回眼,就以为佩恩就是长门,佩恩就是那个能改变世界(造福或毁灭)的预言之子.
六道佩恩,六个身体,各个有轮回眼.自来也刚和佩恩打时只出现3个佩恩,自来也用仙人状态以幻术杀死了这3个,不料另3个将死的3个又复活了,并将自来也打成重伤.
自来也这才发现6个佩恩里没一个是长门,都是自己曾经杀死的人.自来也将其中一人引入结界内杀死,让蛤蟆带回木叶.他为求佩恩真身,冒险出结界,在知道佩恩真正秘密的同时被杀.
自来也在临死前将佩恩秘密以密码形式写在了蛤蟆身上,让蛤蟆带回木叶.自己长眠于隐雨村的湖底.
至于佩恩也就是长门为什么要杀曾经为恩师的自来也，这个跟儿时好友弥彦的死有莫大的关系，因为自己的当初的信念和和平的意义被扭曲了！当看到团藏和半藏杀死弥彦的时候就彻底被扭曲了！
长门弥彦小兰，3个人组织晓的时候，为的就是继承自来也的教诲为和平而存在。但是却被忍者世界一次又一次的作为佣兵利用，慢慢的晓的组织壮大，便被其他人起了顾忌，对这样不稳定力量的存在感到威胁，便在一次委托任务里几个忍者村的人把晓袭击了，弥彦就是在救长门的时候挡下了团藏的攻击死的，当时长门就彻底对这个老师所希冀的和平世界绝望了，召出外道， 集聚着对世界的不信任，对曾今和平的理解产生了扭曲的甚至是痛恨的心态。
他杀自来也完全是为了否定自来也的‘和平’，他要靠自己创造他想要的和平，所以他杀了自来也。
自来也去的目的就是为了查明佩恩的身份，然而自来也见到佩恩以后发现都是认识的，还有一个是自己的爱徒，这让他更肯定要查清楚佩恩的身份，他知道如果不查明那最终倒霉的是木叶，佩恩的强大，一个木叶根本挡不住的。佩恩杀自来也主要是为了不让秘密泄露，见过佩恩的都要死，自己师父也没办法。还有个问题就是凭自来也的本事，他想跑的话再加一倍的佩恩也拦不住。只可惜自来也在搞清楚佩恩的秘密时已经来不及跑了。一，长门因为弥彦的死，性情大变，以清洗世界，让人们记住伤痛来维持和平为理念。然而，自来也是他执行这理念的最大敌人！如果不是自来也不知道佩恩的秘密，佩恩没那么容易打败自来也，所以他趁此机会，绝不放过自来也。二，自来也探得了他的秘密！就是他面前6个都是尸体，本体长门在不远处控制尸体，所以长门非杀他不可！不然秘密败露，一旦被大范围搜索找到本体，以小南之能，是守不住他那伤残的本体的。
关于佩恩为什么要杀自来也这个事情，做的的确是过分了一点，毕竟是自己的老师，也没做过什么坏事，只不过是来打探一下情报而已，打发走也就是了，有必要给捅成蜂窝么?
自来也潜入雨忍村是为了获取情报，而雨忍村被佩恩的忍术控制了，自来也也被发现了。所以与佩恩交战。由于自来也情报不足，不了解佩恩属性，所以死于佩恩之手。但其实自来也逃走还是可以的，但他选择用生命换取情报。
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