硒的唯一特殊功能是作为谷胱甘肽过氧化物酶的一种成分。它是硒谷胱甘肽过氧化物酶的活性中心元素。谷胱甘肽过氧化物酶的生理功能是辅助清除自由基，它可以催化有毒的过氧化物还原为无害的羟基化合物，从而防止和保护生物细胞膜免受脂质过氧化物和各种自由基的损伤。因此，硒主要在人和动物体内发挥抗氧化作用。
众所周知，人体内无时无刻不存在各种自由基。除了直接从外界环境进入体内的自由基外，更多的自由基是由机体自身在代谢过程中不得不进行的氧化反应和过氧化作用产生的。过量的自由基会以多种方式破坏机体组织细胞生物膜的结构和功能，从而引起广泛的组织损伤和各种疾病。
硒的抗氧化活性参与阻断自由基的反应，主要针对活性氧自由基及其衍生物。
硒化合物在体内的抗氧化作用包括五个方面。
(1)清除过氧化脂质自由基的中间产物
(2)过氧化脂质的分解。
(3)修复水合自由基对含硫化合物的分子损伤。
(4)在水合自由基破坏生物物质之前，将其清除或转化为稳定的化合物。
(5)催化巯基化合物作为保护剂的反应。其中，作为自由基清除剂，在水合自由基破坏生物物质之前将其清除或转化为无毒稳定的化合物，是硒抗氧化作用的重要方面。
在人体的抗氧化系统中，硒的抗氧化作用可以分为两类：酶和非酶。以硒为活性中心的谷胱甘肽过氧化物酶家族属于酶抗氧化剂，在机体抗氧化作用中起重要作用。
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