负税率是指增值税纳税人当期应缴纳的增值税占当期应纳税销售收入的比例。对于小规模纳税人来说，负税率就是征收率：3%，而对于普通纳税人来说，税率不是17%或者13%，而是远低于这个，因为进项税是可以抵扣的。一般情况下，本期应纳增值税=累计应纳增值税明细账“转出未缴增值税”数和累计“出口抵减内销产品应纳税额”数。
(1)初始进项税额中包含往年出口但未申报退税的进项税额，金额较大。主要原因是新批准的出口企业由于某些条件限制，前十三个月不能申报出口退税，金额体现在进项税额中。且年末仍有留抵，留抵的计算应是上年度增值税纳税申报表年末留抵——下年度1月增值税纳税申报表上当期免税或退税货物的退税金额。此时期初备抵直接影响下一年度的税率，当年实际税率的计算方法为：(年销售收入(国内外销售之和)*17%-当年收入)/年销售收入。
(2)对于不受上述因素影响的企业：税率计算公式有两种：第一种方法为(出口留抵税额，内销应纳税额)/(内销留抵税额，外销留抵税额)=税负]第二种方法为：(年销售收入*17%-期初进项税额-期末进项税额)/年销售收入。
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