缺少空白发票
1.遗失空白增值税发票必须按规定程序向当地主管税务机关申报。纳税人应当向主管税务机关指定的报纸、杂志等媒体发布公告，公布遗失增值税专用发票的纳税人名称、发票号码、字迹数量等。然后填写《发票丢失被盗登记表》，用金税号牌到主管税务机关办理电子发票退回或注销手续。
2.空白普通发票遗失的，必须按规定程序向当地主管税务机关申报。普通发票遗失的纳税人，必须在辖区内地级市的报刊杂志上刊登遗失声明，然后填写《发票丢失被盗登记表》，凭金税号牌到主管税务机关办理电子发票返还或注销手续。
税务机关可以根据发票管理办法，责令丢失空白普通发票的纳税人改正，并处以一万元以下的罚款。
缺少“开具增值税专用发票”
纳税人丢失增值税发票可分为有证和无证两种情况。
1.发票未认证情况的处理：
(1)发票联、抵扣联丢失的，在丢失前未进行认证的，买方将持相应的专用票记账联复印件到主管税务机关进行认证，卖方所在地主管税务机关出具的专用票记账联和《丢失增值税专用发票已报税证明单》的认证复印件经买方主管税务机关审核后可作为增值税进项税额抵扣凭证。
(2)发票联遗失的，可将增值税专用发票抵扣联作为会计凭证，保留增值税专用发票抵扣联复印件备查。
(3)记账单丢失。发票开具后未发出的，开票单位可复印发票联作为记账凭证；如果已经发出，可以使用发票复印件，连同金税托盘转载的记账复印件作为记账凭证，到主管税务机关认证作为记账凭证。
(4)遗失所有联次：纳税人在认证前遗失的所有专用票联次，按遗失空白专用发票处理。
2.认证发票的处理：
(1)发票联和抵扣联丢失，且丢失前已核验一致的，经买方主管税务机关审核后，买方可以使用卖方所在地主管税务机关出具的相应专用票证记账联和《丢失增值税专用发票已报税证明单》复印件作为增值税进项税额抵扣凭证。
(2)如果免赔额复印件丢失，并且在丢失前已经过认证，发票复印件可以作为日后参考。
(3)如果发票联丢失，抵扣联可作为会计凭证，抵扣联复印件可留存备查。
(4)丢失记账单：发票开具后未发出的，开票公司可将发票单复制为记账凭证；如果已经发出，可以用金税卡转载的发票复印件和记账复印件作为记账凭证，主管税务机关可以认证为记账凭证。
(5)遗失多次合一：纳税人已认证，但发票遗失的，必须按规定程序向当地主管税务机关报告，并登报声明作废。税务机关应当责令丢失发票的纳税人限期改正，可以并处一万元以下的罚款。纳税人从金税卡上再次打印，金税卡经主管税务机关批准，作为会计凭证使用。
丢失的“普通发票已开具”
纳税人开具的普通发票丢失，大多是保管不当造成的。未经税务机关批准，发票收单人和开具人提供的复印件、证明等资料不能作为税前扣除凭据。
(一)发票联遗失的，应当在发票遗失当日或者次日(节假日顺延)以书面形式报告主管税务机关，并在主管税务机关指定的报纸和其他媒体上刊登公告，声明作废。丢失发票并申请损失报表的纳税人必须公开
(3)取得发票一方遗失发票复印件的，应取得加盖原开具单位公章的证明，并注明原发票号、金额及内容等。经经办单位负责人批准后方可作为原始凭证。
(4)纳税人遗失税务机关开具的发票联或发票记账联的，可向开具发票的税务机关申请书面证明，或要求开具发票的税务机关提供遗失发票存根联复印件，经主管税务机关审核后可作为合法凭证入账。
(5)如果存根联或记账联丢失，应取得发票复印件。发票复印件只有在提供原件的单位注明“此复印件由我单位提供，与原件一致”后，才能作为原件使用。
(6)纳税人遗失普通发票全部复印件的，按空白普通发票处理。
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